En la PUCV, el profesor Bernardo Donoso ha desarrollado diversas actividades siendo dirigente en la Federación de Estudiantes en el período entre 1967 y 1969. También fuegerente general de la Corporación de Televisión de la Universidad en el periodo de 1970-1973 y se desempeñó como vicerrector de Administración y Finanzas por dos periodos en 1974-1979 y 1983 y 1986.
Fue rector de la Universidad en dos periodos en 1990 -1994 y 1994-1998. El inicio de su rectoría coincide con la restauración de la democracia en el país, por lo que tuvo que enfrentar protestas estudiantiles y una deuda económica importante, lo que contempló una serie de restricciones que después fueron disminuyendo con el paso de los años. Una de las causas del déficit se vinculaba al aporte que realizaba la institución al Fondo de Crédito Universitario, contribuyendo a la igualdad de oportunidades a los estudiantes.
En 1990, el Consejo Superior constituyó la Comisión de Exonerados, que se dedicó por un largo periodo a estudiar los casos que se presentaron a raíz de despidos y sanciones que vivieron algunos académicos y funcionarios a raíz del golpe de Estado.
Pese a las limitaciones económicas, la Universidad mantuvo una actividad académica sobresaliente en todo su quehacer y procuró incrementar su vínculo con la ciudad. Una muestra de ello, es la creación del proyecto “Museo a Cielo Abierto”, llevado a cabo por el Instituto de Arte con apoyo del municipio, donde se recopilaron 20 obras de connotados artistas nacionales bajo la dirección del profesor Francisco Méndez.
En abril de 1991 se formalizó la creación del Programa de Intercambio Estudiantil. A la fecha, más de 3 mil estudiantes han vivido la experiencia del intercambio fuera de Chile. Cada año, se reciben alrededor de 900 alumnos y alumnas extranjeras en la PUCV, lo que también contribuye a otorgar un sello más diverso a su formación. Más de 12 mil estudiantes extranjeros han pasado por la Universidad.
En los años 90 se inició el proceso de transformación de las carreras de Ingeniería en Ejecución, lo que significó cambios curriculares que permiten adaptarlas a las demandas del mercado laboral.
En 1994, el profesor Donoso fue reelegido por un periodo de cuatro años y su proyecto de gestión contemplaba tres ejes: modernización, mejoramiento de las condiciones y medios para el quehacer e imagen corporativa y relaciones con el medio externo. Como vicerrector Académico asumió Alfonso Muga y como vicerrector de Administración y Finanzas, Claudio Elórtegui, quienes después llegarían a ser rectores de la Universidad.
En este segundo periodo hubo una mayor autonomía para la creación de carreras, lo que favoreció la llegada de más estudiantes. En 1994, se inauguraron los estudios de la Radio UCV, donde se difunden las actividades de la Universidad. En el ámbito de Difusión se efectuó una activa campaña de difusión para promover los procesos de admisión. En 1996, la UCV fue la quinta universidad del país en preferencia de postulantes que rindieron la PAA.
A partir de 1995, se implementó el Fondo de Administración Descentralizado (FAD) que incentiva el compromiso, dedicación y productividad de los académicos. Durante su gestión se impartieron tres nuevos programas de Magíster: en Ingeniería Ambiental, Ingeniería Eléctrica y otro dedicado a la Didáctica de la Matemáticas.
En el ámbito de la investigación durante la Rectoría de Bernardo Donoso se buscó mejorar las condiciones para facilitar la elaboración de proyectos, lo que se reflejó en la adjudicación de Fondecyt como en Fondef, posicionando a la Universidad en el cuarto lugar a nivel nacional.
Durante su gestión se mejoró sustancialmente el Sistema de Bibliotecas y se avanzó en materia de conectividad y la creación de las carreras de Ingeniería de Ejecución en Bioprocesos, Ingeniería Civil Informática, Interpretación y Traducción, Periodismo, Kinesiología y Óptica.
En el campo de la investigación, se crearon mejores condiciones para la elaboración de proyectos, lo que se reflejó en la obtención de mejores resultados en los concursos Fondecyt y Fondef, posicionando a la Universidad en el cuarto lugar a nivel nacional.
