En 1934, comenzó un proceso de reorganización de la Universidad y comenzó con 818 estudiantes entre diurnos y nocturnos. Durante la administración del presbítero Malaquías Morales, la actividad académica se profundizó en los cursos de Ingeniería Química, Arquitectura, Comercio vespertino, Cursos Industriales, Cursos Libres y la Escuela nocturna.
En 1937 se creó la Escuela de Ingeniería Química dentro de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas con cursos de 6 años de duración, formando a ingenieros habrían de aplicar sus conocimientos en la industria química.
Había diferencia entre las carreras universitarias y los cursos técnicos. Desde 1945, los cursos técnicos pasaron a formar parte del Instituto Politécnico Industrial, transformándose después en la Escuela de Subingenieros en las ramas de Construcción, Mecánica y Electricidad, además de los cursos de Topógrafo y Radio.
En 1943 se creó la Facultad de Arquitectura y Bellas Artes, que posteriormente dará vida a la Escuela de Arquitectura y Urbanismo con el objetivo de preparar en el orden artístico, constructivo y urbanístico.
En 1947, la Universidad suscribió un convenio con la Congregación de los Sagrados Corazones para crear la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales, teniendo como base el Curso de Leyes que dicha congregación tenía desde 1894.
En 1949 se creó la Facultad de Filosofía y Educación destinada a formar a profesores para la educación secundaria con las escuelas de Matemáticas y Física, Castellano y Filosofía. Ese año, la Universidad se estructuraba en cinco facultades: Ciencias Físicas y Matemáticas, Ciencias Económicas y Comercio; Ciencias Jurídicas y Sociales; Pedagogía; y el Instituto Politécnico Industrial.
A pesar de las dificultades de financiamiento, el periodo del rector Morales tuvo ciertos avances en el equipamiento de las facultades, contando en 1948 con 16 laboratorios de experimentación y 12 talleres de trabajo, todos equipados para las distintas escuelas.
En este periodo se percibe un aumento relativo de la Universidad en los ámbitos de las ciencias, artes, industria, técnico y comercio, respondiendo a las aspiraciones regionales y a las necesidades del país. El nombre de la Católica de Valparaíso ya era conocido dentro del país y fuera de ella, recibiendo a los primeros alumnos provenientes de América Latina.
Entre 1950, después de la renuncia del rector Morales, y 1951, asumió la rectoría de forma interina el presbítero Fernando Viancos, cargo que venía ejerciendo desde 1947, hasta que la Compañía de Jesús se hizo cargo de la Casa de Estudios.
