El profesor Raúl Bertelsen asumió la dirección de la Universidad, luego de desempeñarse como vicerrector académico por seis años, poniendo término a la etapa de cuatro Rectores Delegados pertenecientes a la Armada. Su nombramiento fue realizado por iniciativa de la Iglesia. Había sido alumno de Derecho, donde tenía a su cargo la cátedra de Derecho Constitucional.
La Rectoría del profesor Bertelsen marca el inicio de un proceso de transición pasando a una Universidad con mayor autonomía, con más participación a nivel estudiantil y académico, desarrollando algunas transformaciones internas en un contexto donde se buscaba avanzar hacia una mayor democracia.
Durante su administración, le tocó enfrentar fuertes protestas estudiantiles y daños al mobiliario de la Institución, junto con una gran presión a nivel del alumnado por la violencia de la dictadura.
En julio de 1982 se aprobaron los Estatutos Generales de la Universidad y le correspondió al rector Bertelsen aprobar los diversos reglamentos complementarios. En 1984, se designaron seis decanos que se incorporaron al Consejo Superior, avanzando en su proceso de democratización, propiciando una mayor participación y reconocimiento de los académicos dentro de la Universidad.
En 1984, se reabrió la carrera de Pedagogía en Educación General Básica, llegando la Universidad a contar con 39 carreras. Ese año, también se creó la Asociación Gremial de Académicos (AGA) contribuyendo a la autonomía dentro de la Institución.
El quehacer del rector Bertelsen se concentró en mantener en funcionamiento la Universidad ante las diversas contingencias generadas por la situación político económica del país, que en cierta forma se reflejó en las situaciones de trastorno. Privilegió el diálogo, medidas preventivas y creando condiciones para facilitar las acciones estudiantiles.