Lo que hoy conocemos como Instituto de Matemáticas (IMA) de la Pontifica Universidad Católica de Valparaíso (PUCV), habría tenido sus orígenes a fines de los años Sesenta. Sin embargo, esta ciencia ya se hacía presente en la PUCV en 1949, cuando se crea la Facultad de Pedagogía. Es en este año, cuando se origina la Escuela de Matemáticas y Física, y por lo tanto, se comienza a dictar en dicha facultad- que en 1951, cambió su nombre por Filosofía y Educación- la carrera de Pedagogía en Matemáticas y Física.

Posteriormente, a raíz del proceso de Reforma Universitaria, iniciado en 1967, una serie de cambios estructurales se comienzan a suscitar en el plantel. Así fue como, este movimiento que nació con el fin de establecer un régimen democrático que permitiera, entre otras cosas, entregar autonomía política y económica a sus facultades y escuelas; dio paso finalmente a la conformación de Unidades Académicas.

De este modo, empieza un período de reorganización universitaria que establece la creación de Escuelas e Institutos. Las primeras estarían orientadas a la formación profesional, mientras que los Institutos serían espacios en los cuales se llevaría a cabo la investigación y el desarrollo de programas de posgrado.

Esta nueva estructura se ve reflejada en la fundación de ocho Unidades Académicas al interior de la Facultad de Filosofía y Educación: cinco Institutos y tres Escuelas. Dentro de los primeros, se encontraba el Instituto de Matemáticas, el cual fue creado en 1969. Esto llevó a que a todos los académicos de matemáticas tendrían que estar reunidos en el nuevo IMA. Así desde 1972, la Sede Malaquías Morales, se transformó en el nuevo lugar de los matemáticos.