La enseñanza de la Biología se inicia en nuestra Universidad en 1955 con la creación del Departamento de Biología y Química, de la Facultad de Filosofía y Educación, con el objetivo de formar profesores de Enseñanza Media de Biología y Química. En 1960, las disciplinas de Biología y Química se separan y derivan en dos Departamentos independientes dentro de la misma Facultad, para formar profesores de Biología y de Química, respectivamente.

Asimismo, a fines de la década del 50, se impulsó la investigación, con la llegada del profesor RP Alejandro Horvat S. (Q.E.P.D.), quién no solo se dedicó a la docencia, sino que muy profundamente a la investigación científica, iniciando el desarrollo del área de la Biología Celular y Molecular, la que se consolidó varios años más tarde y destacándose, además, por sus habilidades para diseñar y construir equipamiento de laboratorio. El profesor Horvat fue vastamente conocido a nivel nacional como autor de textos de Biología para la Enseñanza Media y fue merecedor del Gran Premio “Gabriela Mistral”, reconocimiento a su gestión de educador otorgado por el Ministerio de Educación (1982) y del Premio Regional de Ciencias otorgado por la Ilustre Municipalidad de Valparaíso (1989); también recibió la distinción Doctor Honoris Causa otorgado por la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso en 1995. De la misma manera, los profesores Haroldo Toro (Q.E.P.D.) y Eduardo de la Hoz (Q.E.P.D), pertenecientes al área de la Zoología, contribuyeron en forma notoria a impulsar la investigación en este ámbito. Paralelamente, en el área de Botánica, el profesor Carlos Pizarro (Q.E.P.D.) generó el primer repositorio de líquenes de la antártica chilena, que fue complementada por colecciones de algas de manos del profesor Bernardo Parra L. (Q.E.P.D.) y principalmente de briófitas por el profesor Otto Zöllner (Q.E.P.D.). En el área de la Microbiología, se encargaron de su desarrollo los profesores Victoriano Campos P. y en la especialidad de Microbiología Marina el profesor Patricio García-Tello (Q.E.P.D).

En 1969 se creó el Instituto de Ciencias Básicas, que da un fuerte impulso a la investigación científica, constituido por los Departamentos de Biología, Química y Física, el cual tiene la tarea de formar profesores de Enseñanza Media, otorgar grados de Bachiller y Licenciado en Ciencias y desde 1970 presta Servicios a diversas Unidades Académicas, que requieren diferentes especialidades de la Biología en sus programas.

En 1980 nace la Facultad de Ciencias Básicas y Matemáticas, actualmente Facultad de Ciencias, la integrada por el Instituto de Ciencias Básicas y el de Matemáticas. La Facultad queda compuesta por Institutos, constituyéndose el Instituto de Biología. Las funciones académicas del Instituto son la formación de Profesores de Biología y Licenciados en Biología.

En 1982 se creó el grado académico de Licenciado en Biología y se fijó un plan de estudios conducente a la obtención del grado de Licenciado después de 8 semestres, y al Título de Profesor de Biología al completar el décimo semestre de dicho plan.

En 1983 se sumó la formación de Postgrado, a través de la creación de los Programas de Magíster en Ciencias Biológicas con mención en Microbiología y el grado de Magíster en Ecología y Sistemática El primero de ellos fue recientemente actualizado bajo la denominación de Magister en Ciencias Microbiológicas logrando una acreditación por la CNA de 6 años.

En 1998 en conjunción con la Universidad Técnica Federico Santa María, se creó el primer Doctorado nacional de Biotecnología, recayendo la responsabilidad de coordinarlo en la PUCV a la Escuela de Ingeniería Bioquímica, programa aún vigente, altamente competitivo, y con una acreditación de 6 años por la CNA.

En 1996, se creó la carrera con el título profesional de Biólogo, retomándose así la Licenciatura en Biología. Posteriormente, en 1998, se decretó un nuevo currículo para la obtención del Título de Profesor de Biología y Ciencias Naturales ahora conjuntamente con el grado de Licenciado en Educación. 

En 1997, se creó la revista Electronic Journal of Biotechnology, ISSN 0717-3458 siendo la única revista a nivel mundial indexada en Web of Science que se edita en formato exclusivamente electrónico en el área de la biotecnología. Su miembro de honor es el Dr. James D. Watson (Premio Nobel de Medicina, año 1962) y su Editora, desde sus inicios, ha sido la profesora de esta Unidad Académica, Sra. Graciela Muñoz. 

En 2005 el Instituto se adjudicó el proyecto MECESUP0306 de pregrado: “Innovación significativa de la enseñanza experimental en Ciencias Biológicas”, que permitió renovar de modo significativo la infraestructura de los laboratorios de docencia práctica, contando en la actualidad no sólo con equipos ópticos de última generación, sino que también con todo el equipamiento básico necesario para realizar biología molecular. 

El 2008 se creó el Programa de Magíster en Didáctica de las Ciencias Experimentales. Este Programa de Postgrado constituye una oportunidad real para que nuestros egresados continúen formándose en el área de la educación en Biología.

En el año 2012, se reactiva el Programa de Magíster en Ciencias Microbiológicas. A la fecha ambos programas de Magíster se encuentran acreditados ante la CNA. 

En el año 2013, se reactiva la Licenciatura en Biología como un grado académico independiente. A partir de este año, existe un ingreso común con la Pedagogía en Biología y Ciencias Naturales, y a su vez se favorece la articulación con los postgrados impartidos por el Instituto.

En el año 2022, la carrera de Pedagogía en Biología y Ciencias Naturales fue acreditada por 5 años hasta el año 2027. Dicho programa se ha mantenido acreditado por la CNA desde el 2003.

El 2023 se creó el Programa de Magíster en Ciencias Biológicas. El objetivo de este programa de postgrado es formar especialistas en investigación básica o aplicada que generen conocimiento sobre los seres vivos y los fenómenos biológicos a diferentes niveles y escalas espacio- temporales, usando teorías y técnicas actuales.