En el año 2022, nuestra universidad se adjudicó como institución asociada un Instituto Milenio, denominado Instituto Milenio Centro de Regulación del Genoma donde la profesora Romina Pedreschi de la Escuela de Agronomía es investigadora principal. También como institución asociada, la universidad se adjudicó tres Núcleo Milenios en Ciencias Sociales. El primer Núcleo Milenio en Culturas Musicales y Sonoras de la Universidad Mayor donde Laura Jordán del Instituto de Música es Investigadora Principal, el segundo núcleo Milenio fue adjudicado por la Universidad de Tarapacá cuyo nombre es Núcleo Milenio en Turberas Andinas, y participa como investigador principal el profesor Roberto Chávez del Instituto de Geografía, y el núcleo milenio para las ciencias y el aprendizaje de la Universidad Católica del Maule siendo investigador principal el profesor Romualdo Ibáñez del Instituto de Literatura y Ciencias del Lenguaje.