El modelo pedagógico asumido por el Programa tomando como base las teorías de aprendizaje social y las teorías neurocientíficas, que nos señalan que el aprendizaje es un proceso: activo; social; situado; afectivo y autorregulado. En consecuencia, las metodologías de enseñanza utilizadas en el programa de MDCE, están centradas en el estudiante, con una orientación constructivista y con enfoques de cambio conceptual y de indagación. En este sentido, tanto en cursos obligatorios como optativos se utilizan estrategias que toman en cuenta las concepciones previas que poseen los alumnos acerca del mundo natural y social, para luego construir de manera colaborativa y en la interacción los conocimientos y habilidades necesarios para lograr las competencias del perfil de egreso. Además, en los cursos de la especialidad (didáctica) las clases están basadas en el ciclo de aprendizaje, por lo cual existen diferentes fases, siendo una de las más importantes la de aplicación de los conceptos aprendidos a nuevas situaciones y la producción de nuevos conocimientos. Finalmente, se contempla el uso de estrategias para la regulación y autorregulación del aprendizaje (estrategias metacognitivas).

En consecuencia con lo anterior, el programa de MDCE entiende al proceso evaluativo como una oportunidad para el aprendizaje, por lo tanto, la docencia se concentra en poder generar instancias de retroalimentación de calidad para los estudiantes. Dentro del desarrollo de las clases lectivas, las estrategias evaluativas comunes comprenden funciones tanto diagnósticas, como formativas y sumativas. Entre ellas, la evaluación, análisis y producción de textos científicos es de gran importancia dado el contenido que enseñan los estudiantes en su quehacer profesional, así como la producción de partes de artículos científicos, desarrollo de investigaciones puntuales o acotadas, formulación de proyectos, entre otros. También de gran importancia son las reflexiones docentes, la evaluación de la práctica y el diagnostico de problemáticas asociadas a la enseñanza de las ciencias.