La Ingeniería Bioquímica nació de la integración de la ingeniería de procesos con las ciencias biológicas a raíz de la necesidad, producida a comienzos de la década de 1940, de disponer masivamente de antibióticos, alimentos especiales, vitaminas y otros productos de origen biológico, siendo su finalidad el procesamiento de material biológico y el aprovechamiento de la actividad biológica en nuestro beneficio.

A mediados de la década de los sesenta, un grupo de académicos de la carrera de Ingeniería Química y del Centro de Investigaciones Científicas y Tecnológicas de dicha unidad, concibieron la creación de una carrera profesional de ingeniería en el campo de los bioprocesos. En octubre de 1969 el Senado Académico de la Universidad aprueba el proyecto de creación del Departamento de Ingeniería Bioquímica, destinado a la enseñanza, investigación y difusión de esa especialidad.

Los académicos pioneros e impulsores de esta idea fueron los profesores Samuel Navarrete Cifuentes, Andrés Raffo Razeto y Fernando Acevedo Bonzi. A los pocos años después, en 1977 se tituló el primer Ingeniero Civil Bioquímico.

En el ámbito de la especialización a nivel de postgrado, en 1981 el Consejo Superior de la Universidad aprueba el proyecto de creación del programa de Magíster en Ciencias de la Ingeniería con mención en Ingeniería Bioquímica. Luego, en 1996 también se da inicio a la carrera de Ingeniería de Ejecución en Bioprocesos, titulando a su primera regeneración de profesionales, cinco años después. Más recientemente, en el año 2003, abre sus puertas el programa de Doctorado en Ciencias de la Ingeniería con mención en Ingeniería Bioquímica.

A 50 años de su creación, la EIB ha formado más de de 1.000 profesionales y más de 100 postgraduados, con lo que se ha aportado al desarrollo de la disciplina en el país, contribuyendo a resolver problemas que han impactado la calidad de vida de las personas en los ámbitos de la alimentación, energía, medio ambiente y salud.